Родился 27 декабря 1915 в городе Кукарка Вятской губернии. В пятилетнем возрасте потерял отца, который умер от тифа. Воспитывался он у бабушки Екатерины. Вместе с бабушкой он часто бывал в храме, любил читать Священное Писание.
На второй день Великой Отечественной войны был призван и направлен на Ленинградский фронт. "У меня не было родителей, меня благословила старушка 92 лет, дальняя родственница, и сказала: "Ты будешь жив, люби и защищай Родину..."
Осенью 1941 года полк, в котором служил Борис Пономарёв, попадает в окружение. С одной стороны - болота, с другой - немцы: верная смерть… И вдруг выходит из строя разжалованный священник и говорит: "Пусть тот, кто выйдет из этого ада живым, даст обет Богу, что после войны он примет сан священника и будет служить Богу и людям". Весь полк лёг в бою с фашистами, и только два человека вышли живыми из окружения - разжалованный священник и старший лейтенант Красной Армии Борис Пономарёв.
В сентябре 1942 года был ранен и после выздоровления вернулся в свою часть.
Демобилизировался в 1946 году и в том же году поступил в духовную семинарию.
28 мая 1952 года рукоположен в диакона, а на следующий день - во пресвитера архиепископом Можайским Макарием (Даевым).
В 1952 году назначен настоятелем Покровской церкви села Малое Карасево Коломенского района, а годом позже — настоятелем также Покровской церкви села Хомутова Щелковского района.
В феврале 1955 года назначен настоятелем Ильинского храма города Можайска. Церковь в годы войны сильно пострадала от осколков вражеских снарядов.
(Церковь Илии Пророка - Ильинская Слобода - Можайский район - Московская область)
Скромность и трудолюбие отца Бориса снискали к нему всеобщее уважение. Многое в храме он делал своими руками. Например, шитьё облачений. Батюшка оказывал помощь восстанавливающимся храмам Можайского и Рузского районов, помогал сёстрам Спасо-Бородинского монастыря. Большую помощь отцу Борису всегда оказывала верная спутница его жизни, матушка Софья Федоровна. При ее участии храм содержался всегда в образцовом порядке, а в приходе царила атмосфера взаимной доброты и любви.
С конца 1994 года он по совместительству исполнял обязанности настоятеля Михаило-Архангельской церкви в селе Архангельском Рузского района и руководил восстановительными работами.
Убит 16 июля 1999 года в деревне Ильинская Слобода Можайского района Московской области тремя рецидивистами, проникшими в храм ради кражи нескольких старинных икон.
Упокой, Господи, душу приснопоминаемого раба Твоего протоиерея Бориса в Своих Небесных Селениях и нас помилуй яко Благ и Человеколюбец!